После высыхания стяжки появились маленькие трещины примерно 1 мм...Дальше планирую залить пол самовыравнивающейся смесью,5мм где-то. Подскажите чем можно заделать эти трещины и не появятся ли они после того как будет залит второй слой?

на очищенное перекрытие ( 20 см толщиной, оно так же заливное монолитное) положен был шумостоп С20 , на него армированная полиэтиленовая пленка с нахлестом.

Трещины такого размера, явление нормальное (главное чтобы стяжка не бухтела) и удалять их не кчему, тем более что сверху выравниватель будет.

А чтобы избежать подобных коллизий, необходимо строго соблюдать пропорции раствора и условия окружающей среды (температура) внутри помещения, никаких сквозняков, а в остальном "genynat" абсолютно прав, ничего страшного